Ο Μαχόνι, ο οποίος συνταξιοδοτήθηκε το 2011 ως επικεφαλής της μεγαλύτερης αρχιεπισκοπής των ΗΠΑ και αυτές τις μέρες βρίσκεται στη Ρώμη όπου συμμετέχει στη διαδικασία επιλογής του νέου Πάπα, έχει κατηγορηθεί ότι βοήθησε έναν παιδόφιλο ιερέα...να αποφύγει τις έρευνες της αστυνομίας, στέλνοντάς τον σε ένα εκκλησιαστικό κέντρο για «θεραπεία». Στη συνέχεια, επανατοποθέτησε τον ιερέα στην Αρχιεπισκοπή του Λος Άντζελες.
Σαν όρος προκειμένου να ολοκληρωθεί ο συμβιβασμός, τέθηκε ότι καμία από τις πλευρές δεν θα αναγκαζόταν να ομολογήσει για τα αδικήματα, δήλωσε ο δικηγόρος του ενάγοντος στην υπόθεση.