Την παραίτησή του υπέβαλε αιφνιδιαστικά ο υποδιοικητής της Αντιτρομοκρατικής Υπηρεσίας Φ. Παπαγεωργίου, γεγονός που έχει προκαλέσει αναταραχή στην ΕΛ.ΑΣ., καθώς θεωρείτο αξιωματικός με εξαιρετική εμπειρία στην ελληνική αλλά και στη διεθνή τρομοκρατία.Σύμφωνα με το Βήμα, ο κ. Παπαγεωργίου υπέβαλε την παραίτησή του τη Δευτέρα και σε επιστολή του προς τους σε ανώτερους αξιωματικούς της ΕΛ.ΑΣ. εξηγεί τους λόγους που τον οδήγησαν σε αυτή την απόφαση.Ο κ. Παπαγεωργίου είχε βραβευθεί για τον ρόλο του στην εξάρθρωση της 17Ν και ήταν από τους...... τελευταίους εκπροσώπους της γενιάς των αξιωματικών που είχαν χειρισθεί τις έρευνες για τη σύλληψη των μελών του ΕΛΑ και της 17Ν το 2002.
Γι' αυτό και η αποχώρησή του από το Σώμα κρίνεται ως «καίριο πλήγμα» στις έρευνες για την επονομαζόμενη «νέα γενιά τρομοκρατών».
Πληροφορίες θέλουν τον κ. Παπαγεωργίου να ήταν εξαιρετικά δυσαρεστημένος επειδή δεν ενημερωνόταν από τους άλλους αξιωματικούς της Αντιτρομοκρατικής Υπηρεσίας για τις έρευνές της σχετικά με την προσπάθεια εντοπισμού μελών του «Επαναστατικού Αγώνα» και της «Σέχτας Επαναστατών».
Αυτό όμως που εκτιμάται ότι τον οδήγησε στην παραίτηση ήταν η παντελής έλλειψη ενημέρωσής του για την ταυτοποίηση του DΝΑ ατόμου που συμμετείχε στην επίθεση τον Απρίλιο του 2007 εναντίον του φρουρού του πρώην προέδρου του Αρείου Πάγου Ρ. Κεδίκογλου με εκείνο ληστή τράπεζας ο οποίος προέρχεται από τον αντιεξουσιαστικό χώρο